يحكي الفيلم قصة عميل المباحث الفيدرالية السابق (فوكس مولدر) بعد إنهاء خدمته وعقده على كشف أسرار المخلوقات الفضائية وكذلك سر إختفاء شقيقته، إلا أن إختفاء عميلة فيدرالية بعد توقع أحد القساوسة بذلك وعدم قدرة المباحث على الوصول إليها، أدى إلى طلب المباحث الفيدرالية من العميلة السابقة (دانا سكولي) إقناع (فوكس) كي يعاونهم في الوصول إلى مكان إختباء العميلة المختفية.